Das Patrozinium St.Martin läßt vermuten, daß die Pfarrei bereits in fränkischer Zeit gegründet wurde.

Urkunden liegen erst seit dem späten 12.Jahrhundert vor. Besitzrechte in Merching hatten die Grafen von Andechs, die Welfen, die bairischen Herzöge, die Klöster Dießen und St.Ulrich und Afra in Augsburg.

Aus diesen Besitzrechten entstand 1340 das Besetzungsrecht der Pfarrei mit Weltpriestern durch das Kloster Ettal. Erst in den letzten 30 Jahren vor der Säkularisation schickte dieses Kloster eigene Mönche als Pfarrer nach Merching. Die Anna-Kapelle entstand 1430/40 nach spätmittelalterlicher Sitte, verbunden mit einem Frühmeß-Benefizium.

Bis zur kirchlichen Gebietsreform in den 70er Jahren gab die alte Bezeichnung von Merching, „Bayer-Mänching“ den Namen für das Dekanat. Heute gehört die Pfarrei zum Dekanat Friedberg.

1861 wurde Steinach, seit alters mit Merching als Filialkirche verbunden, als selbständige Pfarrei von Merching abgetrennt. Zwischen 1905 und 1976 unterhielten die Dillinger Franziskanerinnen in Merching ein Kloster. Die Übernahme des Vermächtnisses des Sedlbauerhofes war verbunden mit der Verpflichtung, hier eine Hauswirtschaftsschule, die ambulante Krankenpflege und einen Kinderhort zu betreiben. Seit dem Weggang der Klosterfrauen ging der Kindergarten in den Besitz der Pfarrei über.

Heute besteht die Pfarrgemeinde aus gut 2000 Mitgliedern.

Am 6. Oktober 1704 zerstörte ein katastrophaler Dorfbrand einen Großteil des Dorfes und die damals vermutlich gotische Kirche.

Wahrscheinlich 1707 wurde die heutige Kirche im Rohbau fertiggestellt.

Besondere Beachtung verdient der weithin sichtbare 47 Meter hohe Turm mit seinen drei übereinanderstehenden Kuppeln. Angeblich mussten wegen dieses Verstoßes gegen die damaligen Bauvorschriften 300 Gulden Strafe bezahlt werden.